為了讓生產水質不受其它給水系統的污染，無塵廠房的給水系統應根據生產、生活、消防等用途分別設置，其中，生產用水可根據生產線的數量，分別設置，建議生產線的給水系統開始處應設置檢修閥門和計量水表，以便進行檢修和成本核算。
無塵廠房內排水應清污分流，凈化區排水與非凈化區排水應分開，集中到廠區污水處理站的生產廢水，應就近經、去硫酸銨及蒸汽滅活處理后，與其他污廢水混合，排入廠區污水處理站，并經集中處理后，排入廠區污水處理廠。
無塵廠房凈化時，對于管道材料的選擇，一般采用鍍鋅鋼管，考慮到潔凈環境，選擇的管材應具有良好的化學穩定性，以在輸送過程中水質下降小，以及管道內外壁應盡可能光潔，管道及管件的街面應保持平整，以讓水流具有良好的水力性能，減少顆粒的沉積和微生物的滋生，建議水管采用聚丙烯管或不銹鋼管。
排水材料的選擇，應根據排水水質的特點，一般原則為：連續排水溫度不高于40℃時，選用PVC排水管，具有化學穩定性不錯、水力性能好等優點；當連續排水溫度在40~80℃時，建議采用耐溫性能較高、水力性能和化學穩定性較好的玻纖增強聚丙烯排水管；連續排水溫度在80℃以上時，建議采用排水鑄鐵管，但應注意防腐處理。